qiagen QIAamp DNA微生物組試劑盒說明書
更新時間：2021-04-15 點擊次數：4155
qiagen QIAamp DNA微生物組試劑盒說明書
- 從拭子和體液中分離細菌DNA
- 有效消耗宿主DNA
- 優化的機械和化學細胞裂解
- 超凈色譜柱可大程度地減少污染風險
QIAamp DNA微生物組試劑盒是專門用于從拭子和體液中純化和富集細菌微生物組DNA的解決方案。在純化過程中對宿主DNA的有效去除可大程度地提高下一代測序分析中細菌DNA的覆蓋率，并可以進行基于16S rDNA的高度敏感的微生物組分析和整個基因組shot彈槍測序研究。
- 脫氧核糖核酸
- 無細胞DNA8
- DNA清理16
- 基因組DNA65歲
- 微生物DNA28歲
- 質粒DNA18歲
- 從拭子和體液中分離細菌DNA
- 有效消耗宿主DNA
- 優化的機械和化學細胞裂解
- 超凈色譜柱可大程度地減少污染風險
QIAamp DNA微生物組試劑盒是專門用于從拭子和體液中純化和富集細菌微生物組DNA的解決方案。在純化過程中對宿主DNA的有效去除可大程度地提高下一代測序分析中細菌DNA的覆蓋率，并可以進行基于16S rDNA的高度敏感的微生物組分析和整個基因組shot彈槍測序研究。
Purification procedure with integrated host DNA removal.
差異裂解和酶處理可在純化過程中去除宿主DNA，從而使細菌微生物組DNA富集。
表現
有效去除宿主DNA以進行更深入的微生物組分析拭子和體液含有來自宿主人類或動物細胞以及微生物細胞的DNA。在宏基因組學研究中，對總DNA進行了標準分離和分析，但是宿主人或動物的DNA遠遠超過了微生物DNA，這會妨礙微生物組分析。實際上，人類微生物組計劃對不同樣本類型的整個元基因組shot彈槍測序的一個關鍵發現是，多達99％的測序讀數對應于人類基因組，因此多1％具有微生物性質。與16S rDNA測序相反，整個元基因組shot彈槍測序可以為微生物組研究增加有價值的見解，例如毒力因子，抗生素抗性或代謝網絡的存在。因此，大程度地覆蓋微生物讀數可大大提高分析能力。去除宿主DNA可以增加測序實驗中微生物讀數的覆蓋率。QIAamp DNA微生物組試劑盒通過宿主細胞的差異裂解和隨后的宿主DNA的酶切消化，有效地去除了宿主DNA。然后，通過機械和化學裂解的組合，完整的細胞被有效裂解，釋放的細菌DNA使用成熟的QIAamp化學試劑和去污染的QIAamp UCP離心柱進行純化（請參見去除宿主DNA的純化程序）。在整個基因組shot彈槍測序實驗中提高細菌DNA的分辨率 在整個元基因組shot彈槍測序實驗中，歸因于宿主基因組的讀段所占的百分比很高，即使使用復雜的生物信息學工具，正確組裝微生物數據集也既耗時又耗費資源。通過去除樣品中的宿主DNA，QIAamp DNA微生物組試劑盒為樣品提供了豐富的細菌成分，可用于整個元基因組shot彈槍測序。對從人頰拭子分離的DNA進行了完整的基因組shot彈槍測序實驗的讀數比較，在該樣品中使用QIAamp DNA Microbiome Kit或其他2家供應商的溶液制備了樣品。使用QIAamp DNA微生物組試劑盒制備的樣品測序導致的人類讀數少于5％，與不包括去除宿主DNA的試劑盒的讀數超過90％和使用試劑盒的35％相比，讀數大大降低。在第二個實驗中，樣品中摻入了已知的培養細菌。與未去除宿主DNA的溶液相比，細菌DNA的回收率更高。有效去除宿主DNA可增強整個基因組gen彈槍的測序結果（）。
改進的16S rDNA測序擴增
16S rDNA測序通常用于確定相對微生物群落組成。與其他3種純化試劑盒相比，QIAamp DNA微生物組試劑盒可有效地擴增從口腔拭子純化的DNA的V4區（請參見圖16S rDNA的高效擴增和測序）。用QIAamp DNA微生物組試劑盒純化的2個樣品中擴增的V4區的測序結果也顯示了代表人類口腔微生物組的預期細菌組成。
優化的細胞裂解可大程度地減少樣品制備的偏差。細胞壁形態的差異使微生物對不同的裂解方法具有不同的敏感性。例如，具有豐富的脂質和多糖的細胞壁厚的細菌在通過酶促裂解制備的樣品中往往代表性不足。結果是，任何一種裂解方法都會在微生物組的表示形式和相對組成中引入偏差。QIAamp DNA微生物組試劑盒結合了化學裂解法和機械裂解法，并進行了優化，以大程度減少樣品制備過程中引入的偏差。此外，QIAamp DNA微生物組試劑盒中提供的超凈生產（UCP）旋轉柱經過專有的清潔工藝，可大程度地減少污染的風險。為了檢查樣品制備的偏倚，從培養物中創建了具有已知數量的6種不同細菌的菌落形成單位（CFU）的模型微生物組。使用QIAamp DNA微生物組試劑盒或其他試劑盒準備了模型微生物組的樣品進行測序。與使用的所有其他方法相比，使用QIAamp DNA微生物組試劑盒處理的樣品表現出了模型微生物組組成的佳整體表現（請參見最小樣品制備偏差）。 原則
QIAamp DNA微生物組試劑盒是用于微生物組分析的*樣品制備解決方案，因為它可以有效消耗宿主DNA，同時大程度減少混合樣品中細菌群落組成的偏差。結果是細菌DNA的富集，從而具有更高的覆蓋范圍和更深的分析能力。許多功能有助于實現此結果。首先，QIAamp DNA微生物組試劑盒使用超凈生產（UCP）旋轉柱，該柱經過專有的去污工藝以降低樣品污染的風險。其次，QIAamp DNA Microbiome Kit的方案旨在在細菌細胞裂解之前以酶促方式消耗宿主DNA。第三，
程序
QIAamp DNA微生物組試劑盒使用了與其他QIAamp試劑盒相同的經過驗證的旋轉柱技術，并帶有經修改的規程，旨在均勻地富集樣品中細菌微生物組DNA的含量。首先輕輕溶解宿主細胞，使細菌細胞完整無損。然后，釋放的宿主DNA被酶降解。機械和化學裂解的優化組合用于隨后破壞細菌細胞，精心設計的緩沖液化學作用可促進釋放的DNA與二氧化硅膜的結合。最后，在洗掉不需要的成分后，細菌微生物組DNA從色譜柱上洗脫下來（請參見純化去除宿主DNA的純化程序）。
應用領域
QIAamp DNA微生物組試劑盒可從混合樣品中純化和富集細菌微生物組DNA，用于敏感的下游應用，例如：
- 全基因組測序分析
- 高度靈敏的基于16S rDNA的微生物組分析
- 元基因組shot彈槍測序研究
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